Ландшафты. В пределах парка выделяют четыре основные высотные зоны, которые включают все характерные ландшафты региона:

- нивальная включает субнивальный пояс; 
- тундро-луговая включает 3 пояса: горно-тундровый, горно-лугово-альпийский и горно-лугово-субальпийский; 
- горно-лесная включает 2 пояса: горно-лесной субальпийский, горно-лугово-таежный; 
- горно-лесо-лугово-степная.

Высокогорная нивальная зона, - отсюда открывается удивительный пейзаж, мощных горных кряжей, контрастирующих белизной ледников и снежных горных вершин с глубокими провалами ущелий, прорезанных горными реками. Нижняя граница этой зоны проходит на высоте около 2800 м над уровнем моря, растительность поселяется на мелкоземе, который накапливается в трещинах скал и между камнями каменистых россыпей, а также в углублениях склонов по периферии ледников и снежников. Для этой зоны характерны фрагментарные растительные сообщества, представленные лишайниками и высокогорными видами травянистых растений: первоцвет снежный, долгоног снеговой, пушица низкая, лютик алтайский. В субнивальном поясе, уже встречается в скалах, барбарис сибирский, смородина черная и смородина душистая, можжевельник ложноказацкий, жимолость алтайская, из травянистых растений: бадан толстолистный, камнеломка сибирская, лапчатка снежная, патриния сибирская, водосбор железистый и другие виды.

Горно-тундровый пояс его верхняя граница проходит на 2800 м.н.у.м., а нижняя опускается до 2100 м абсолютной высоты. Верхний ярус занимают каменистые, мохово-лишайниковые, кустарниковые и травянистые тундры с мхами, мятликом алтайским, горечавкой холодной и кустарниками – березой круглолистной, жимолостью щетинистой, таволгой и карликовыми формами ив.

Горно-лесная зона распространена в вертикальном диапазоне от 1200- 1250 м до 2200- 2300 м над уровнем моря. Она включает в себя два пояса: горно-лесной субальпийский, занимающий верхнее положение и горный лугово-таежный расположенный в нижней ее половине. В пределах этой зоны произрастают основные лесообразующие породы: сосна сибирская, лиственница, ель. Меньшие площади занимают леса из пихты, березы, тополя, осины и ив. Травянистый покров образуют злаковые, осока, черника и разнотравье.

Для горной лесо-лугово-степной зоны характерны редкостойные лиственничные и смешанные (березово-лиственнично-осиновые) леса со злаково-разнотравным травостоем и кустарниками. Под пологом леса и на полянах распространены кустарники: бузина сибирская, таволга средняя, желтая акация, шиповник иглистый.

Из злаков наиболее обычны ежа сборная, коротконожка сосновая, вейник. Разнотравье представлено ирисом русским, душицей, володушкой длиннолистной, подмаренником северным и другими видами.

Почвы. 

В связи с большими абсолютными высотами пространственное распределение почвенно-растительного покрова национального парка подчинено закону вертикальной зональности (высотной поясности).

В пределах территории выделяются четыре вертикальные природные зоны, которые включают в себя шесть поясов.

Высокогорная нивальная зона занимает площади на крайнем севере и северо-востоке парка в пределах водоразделов Катунь - Бухтарма и Коксу - Бухтарма. Нижняя граница зоны совпадает с положением климатической снеговой линии и проходит на высоте около 2800 м над уровнем моря. Сформированный почвенный покров отсутствует. Включает в себя два пояса: нивальный пояс и субнивальный пояс.

Высокогорная тундрово-луговая зона расположена на высотах 2000- 2800 м над уровнем моря в пределах высокогорного альпийского и сглаженного рельефа. Она включает в себя три пояса: горно-тундровый, горно-луговой альпийский и горно-луговой субальпийский.

Горно-тундровый пояс – это область развития каменистых, мохово-лишайниковых, кустарниковых и травянистых тундр, которые формируются на горно-тундровых почвах. Гумусовый горизонт, как и весь профиль, выражен слабо.

Горно-луговой альпийский пояс - область распространения умеренно-влажными альпийскими крупно и мелко травными местами замшелых лугов с куртинами ерника на горно-луговых альпийских дерновых и дерново-торфянистых и на горно-тундровых торфянистых вторичных почвах. Эти почвы обладают сравнительно высоким содержанием гумуса и азота, средней емкостью обмена, кислой реакцией водных и солевых суспензий.

Горно-луговой субальпийский пояс в парке, как и на Южном Алтае в целом, имеет весьма ограниченное распространение. Горно-луговые субальпийские фитоценозы и почвы не создают здесь сплошного покрова и встречаются фрагментарно.

Горно-лесная зона в пределах парка распространена в вертикальном диапазоне от 1200-1250м до 2200-2300м над уровнем моря. Она включает в себя два пояса: горно-лесной субальпийский, занимающий верхнее положение, и горный лугово-таежный, расположенный в нижней ее половине. Почвенный покров представлен горно-таежными кислоземами «холодными» и мерзлотными, а также горно-лесными серыми, горными дерновыми и пойменными лесолуговыми почвами. В сравнении с другими разновидностями почв, эти почвы имеют меньшее содержание гумуса (9,1%) и азота (0,44%).

Горно-лесные темно-серые почвы распространены в нижней части горно-лесной и в лесо-лугово-степной зонах национального парка под лиственными, осветленными мелколиственно-лиственничными, реже сомкнутыми лиственничными лесами. Почвы отличаются высоким содержанием гумуса (до19%) и азота (до 0,8%). Поглощающий комплекс насыщен кальцием и магнием, отчасти алюминием и водородом.

Флора. 

Богат флористический состав национального парка, который представлен значительным количеством высших сосудистых растений (более 2000 видов), мхов, лишайников и грибов. Среди травянистых растений много реликтовых: ветренница алтайская, княжик сибирский, астрагал сладколистный, мятлик алтайский.

Особую ценность представляют редкие виды, которые нуждаются в охране, а некоторые из этих видов (более 30 видов) находятся на грани исчезновения и занесены в списки Красной книги Республики Казахстан это: долгоног снеговой, ревень алтайский, кандык сибирский, тюльпан разнолепестный, башмачкикрупноцветный, венерин и настоящий, сибирка алтайская, плаун баранец, леонтица алтайская, пион степной, родиола розовая, левзея сафлоровидная, волчеягодник алтайский.

Основное же достояние национального парка – это леса, которые зеленым ожерельем опоясывают горы, смягчая и регулируя климат, они выполняют почвозащитную и водорегулирующую роль, сохраняя от эрозии крутые склоны седых гор, которые являются истоками многочисленных речек впадающих в Бухтарму. Леса здесь незначительно изменены хозяйственной деятельностью и имеют малые потери от лесных пожаров. 
Горные леса распространены на высоте от 2200 до 3200 м над уровнем моря. Это вечнозеленые кедр, ель и пихта, а также лиственница, которая на зиму сбрасывает свою хвою, а с приходом весны покрывается нежной хвоей. Из лиственных это белоствольная береза, тополь, осинка, дрожащая на ветру и много видов различных ив, которые встречаются в пойме горных рек и ручейков, занимая заболоченные места. Кустарниковая флора насчитывает более 50 видов, малина, смородина, шиповник, таволга, ивы, ерник и др.

Фауна национального парка также богата видовым разнообразием и включает 65 видов млекопитающих, 275 видов птиц, 3 вида земноводных, 6 видов пресмыкающихся, 9 видов костных рыб и более 10 тыс. беспозвоночных к которым относятся жуки, бабочки, стрекозы, паукообразные. О фаунистическом богатстве практически важных видов свидетельствует обитание в национальном парке 5 видов только копытных, в лесу можно встретить бурого медведя, соболя, белку, глухаря и рябчика. В небольших куртинах кустарников, в густых зарослях трав гнездятся птицы. В поясе еловых лесов и редин гнездится типичная обитательница таежной зоны – кедровка. На побережьях водоемов можно из водоплавающих встретить уток - крякву, чирка.

Среди позвоночных национального парка небольшую группу составляют амфибии и рептилии. Из амфибий обычны зеленая жаба и остромордая лягушка. Фауна рептилий представлена: прыткой и живородящей ящерицей, узорчатым полозом, обыкновенной гадюкой.

Обычные виды: обыкновенная бурозубка, тундряная бурозубка, волк, лисица, бурый медведь, соболь, солонгой, ласка, горностай, степной хорек, американская норка, барсук, сибирская косуля, обыкновенная белка, серый сурок, серый хомячок, обыкновенный хомяк, восточно-азиатская мышь, плоскочерепная полевка, большеухая полевка, красно-серая полевка, красная полевка, водяная полевка, алтайский цокор, серая крыса, заяц-беляк, алтайская пищуха.

Редкие виды: малая бурозубка, средняя бурозубка, равнозубая бурозубка, обыкновенная кутора, сибирский крот, ночница Брандта, ночница Иконникова, водяная ночница, бурый ушан, рыжая вечерница, северный кожанок, корсак, каменная куница, росомаха, колонок, речная выдра, обыкновенная рысь, снежный барс, кабан, кабарга, благородный олень, лось, козерог, архар, летяга, азиатский бурундук, длиннохвостый суслик, алтайская мышовка, мышовка Страутмана, ондатра, восточная слепушонка, домовая мышь, мышь-малютка.

Видовой список птиц национального парка состоит из 265 видов.

Видовой состав беспозвоночных не изучен.

Особое значение Катон-Карагайский национальный природный парк имеет как ареал редких и исчезающих видов. Здесь обитают виды, которые внесены в списки красной книги Республики Казахстан это: - 4 вида млекопитающих: снежный барс, архар-аргали, каменная куница и ночница Иконникова; 20 видов птиц: горбоносый турпан, сапсан, сокол-балобан, скопа, беркут, могильник, филин, серый журавль, журавль красавка, алтайский улар; из рыб 1 вид- таймень; из беспозвоночных 2 вида: жужелица Михайлова и жужелица восхитительная. Памятники природы, истории, культуры и археологии.

Дивно красива и разнообразна яркими контрастами и богатством природа нашего края. Леса и горы, реки и озера вызывают чувство восхищения, поражая своей мощью и чистотой. Богатые дичью и рыбой реки, озера, леса, пастбища долин с древнейших времен привлекали в эти края тысячу людей.

Гора Белуха, является трансграничным объектом, на стыке границ Республики Казахстан и России. Величественно красива и не подступна царица алтайских гор. Её кручи поднялись над уровнем мирового океана на 4506 метров, Это самая высокая гора Алтая и Сибири, склоны ее покрыты вечными снегами и ледниками. С ледников Белухи берут начало реки Белая Берель, Катунь.

Озеро Язевое (Караколь).Альпийское озеро Язевое светло и невозмутимо своим спокойствием. Отсюда открывается великолепный вид на Белуху, которая в ясную погоду отражается в озере. Оно расположено на основном пути к Белухе, верховьям Катуни, к Коккольскому водопаду и руднику Кокколь. Размер его сравнительноневелик: 1,0 х 0,4 км. Чашу озера кольцом опоясывает хвойный лес, уходящий в горы, переходящие к верхам в альпийские луга. Озеро славится хорошей рыбалкой, о чем говорит его название. В его окрестностях довольно много маралов и медведей. Это единственное озеро в регионе, где водятся язи. Оно расположено в 12 км к северу от с. Караайрык. 

Водопад Кокколь – крупнейший на Алтае водопад, на реке Кокколь.Его образует небольшая горная река, вытекающая из одноименного озера и впадающая в реку Белая Берель. При слиянии с Белой Берелью русло реки Кокколь подходит к резкому уступу высотой около 80 м. и крутизной 60-70°, отсюда водный поток шириной свыше 10 м. низвергается вниз с оглушительным грохотом, слышимым далеко окрест. 

По гребню и скалам левого и правого бортов вода не падет вниз, а стекает узкими стремительными «змейками». При падении с большой высоты образуется мельчающая водяная пыль, ионизирующая воздух в долине. В солнечные дни, поднимаясь над водопадом, она раскрашивается всеми цветами радуги. Мощный водопад, живописное ущелье, поросшее прекрасным кедровым и еловым лесом, придают необычайную красоту и очарование этому уголку.

Водопад Кокколь находится в 23 км. к северо-востоку от курортного поселка Рахмановские ключи.

Водопад Язовой - небольшой каскадного типа водопад на р. Язовая.Его образует река Язовая, правый приток Белой Берели. Примерно в 2 километрах к югу от озера Язевого, река врезается в скальный массив гранитов, прорезанный в результате многовековой работы водного потока, русло имеет невыработанный профиль. В нем один за другим следуют небольшие уступы, образующие водопады, пороги и водопадные сливы. В общей сложности здесь насчитывается около десятка каскадов, которые сменяя друг друга, встречаются на расстоянии примерно 200 м. Он расположен в 2 км. ниже выхода р. Язовая из одноименного озера, в 10 км. северо-западнее с. Караайрык.

Рахмановские источники, минеральные источники находятся в удивительной по красоте котловине Рахмановского на его северо-восточном берегу, по правому борту долины реки Арасан. Вода Рахмановских источников бесцветная, очень чистая, практически не содержит взвесей и не имеет сколько-нибудь заметного привкуса, приятна для питья. Месторождение подземных азотно-кремнистых вод содержащих радон. Температура разных источников колеблется от 39 до 400 С. Образование радона связывают с продуктами распада радиоактивных элементов, содержащихся в очень редких минералах гранитов. Термальные воды используют для лечения различных органов заболеваний движения, позвоночника, периферической нервной системы и кожи.

Рудник Кокколь – уникальный горнорудный памятник, основанный в 1938 году на перевале Кокколь, на высоте 3000 м над уровнем моря. Сюда входят: рудник Кокколь (Верхний Лагерь), Нижний Лагерь, дорога между поселками, мост через реку Белая Берель. Здесь в 1938 году были начаты работы по добыче вольфрама и молибдена вручную и строительство жилого и рабочего поселка. На самом руднике, на перевале (Верхний Лагерь или Рудник Кокколь) были построены бараки, контора, клуб, склад, кузница, обогатительная фабрика. В 8 км. к западу у водопада Кокколь в лесной зоне был построен жилой поселок: дома, конный двор, школа, пекарня, контора, баня.

Рудник проработал до 1954 года.

насчитывает около 70 курганов с каменистыми насыпями различного размера. В них были найдены уникальные находки кочевой элиты скифо-сакского времени (IV в до н.э.) сохранившийся, благодаря феномену, вечной мерзлоты -мумифицированные останки людей и лошадей, убранство которых оформлено в лучших традициях звериного стиля и представляют собой высокохудожественные образцы древнего искусства. Здесь были найдены большое количество предметов и украшений, деревянные таблички с рисунками, войлочная ткань и выделанная шерсть, останки коней со сбруей, погребальная комната с большим количеством различных предметов. Многие предметы изначально были покрыты позолотой или золотыми пластинами. На конях были найдены украшения в виде позолоченных длинных рогов. Находки, в том числе органический материал, сохранились в прекрасном состоянии благодаря расположению кургана в зоне вечной мерзлоты. В руках ученых оказалась бесценная информация, которая позволит лучше узнать культуру, ремесла и историю кочевников. Кроме того, генетический анализ тканей позволит восстановить образ людей и животных далекой эпохи. Находки, сделанные во время раскопок, имеют мировое значение.

Местоположение: близ села Берель, долина реки Бухтарма, при слиянии р. Сахатушка в р. Бухтарма.

Свое название, – Австрийская, которое является не официальным, дорога получила из-за того, что была построена в период с 1914 по 1916 гг. австрийскими (чешскими) военнопленными Первой Мировой войны.

Австрийская дорога имеет историческую ценность как своеобразный памятник, в состав которого, как в ожерелье, входят «драгоценные камни» - уникальные памятники природы: Мраморный перевал, оз. Маркаколь, перевалы Алатайский и Бурхат, долины рек Кара-Каба и Бухтарма.

Северная Ветвь Великого Шелкового Пути – древний караванный путь, связывающий Центрально-Азиатские регионы Монголии и Китая с Прииртышьем и, далее, на запад и юг со всем миром. В пределах Катон-Карагайского национального природного парка представляет собой весьма живописную дорогу, на протяжении от села Арчаты и до перевала Укок. Здесь дорога проходит вдоль реки Бухтарма, имеющей в этих местах бурный, горный характер. Левый борт долины весьма крутой и густо покрыт хвойным лесом, над которым высятся снежные вершины хребта Южный Алтай, достигая почти 3800 м над уровнем моря. Правый борт долины сложен невысокими горами с редким хвойным лесом и лугами. Выше впадения реки Чиндагатуй в реку Бухтарма появляется высокогорный лиственничный лес, переходящий на плато Укок в высокогорные степи и тундру.

Функциональное зонирование территории национального парка, режимы природопользования.

В зоне экологической стабилизации

устанавливается заповедный режим охраны, который полностью исключает хозяйственное и рекреационное воздействие на охраняемые экосистемы, можно проводить мероприятия по восстановлению нарушенных природных комплексов и объектов государственного природно-заповедного фонда ирегулируемый экологический туризм.

В зоне туристской и рекреационной деятельности устанавливается заказной режим охраны, обеспечивающий сохранение природных комплексов и объектов государственного природно-заповедного фонда, на территории которого допускается регулируемое туристское и рекреационное использование (кроме охоты), в том числе организация туристских маршрутов, троп, устройство бивачных стоянок и смотровых площадок, с учетом норм рекреационных нагрузок. Эта зона предназначена для организации кратковременного и длительного отдыха в природных условиях.

В зоне ограниченной хозяйственной деятельности размещаются объекты административно-хозяйственного назначения, ведется хозяйственная деятельность, необходимая для обеспечения охраны и функционирования государственного национального природного парка, обслуживания его посетителей, включая организацию любительской (спортивной) охоты и рыболовства, осуществляются строительство и эксплуатация рекреационных центров, гостиниц, кемпингов, музеев и других объектов обслуживания туристов.

Ограниченная хозяйственная деятельность в национальном парке осуществляется с учетом сохранения и восстановления объектов государственного природно-заповедного фонда и по соответствующим разрешениям Комитета лесного и охотничьего хозяйства МСХ РК.

В зоне ограниченной хозяйственной деятельности разрешаются следующие виды деятельности: 
побочное лесное пользование: ограниченная пастьба скота, мараловодство, сенокошение, любительский сбор грибов, плодов и ягод, установка ульев; Пастьба скота разрешается на нелесных, покрытых и непокрытых лесом землях в соответствии с нормами выпаса, при этом выбор участков для пастьбы скота должен осуществляться с учетом возможностей сезонного использования летних пастбищ и допустимой нагрузки на них. 
Для сенокошения выделяются, прежде всего, пригодные для этой цели площади, а также прогалины и другие, не покрытые лесом угодья, где не предусматривается проведение лесовосстановительных мероприятий (естественное или искусственное возобновление леса). Участки для сенокошения и пастьбы скота предоставляются в краткосрочное (до 1 го года) пользование. 
Местные жители могут без разрешительных документов осуществлять сбор для собственных нужд орехов, грибов, ягод, лекарственного сырья и иных побочных лесных ресурсов в пределах норм утвержденных решением областного представительного органа. Сбор орехов, ягод, грибов производится в установленные сроки, без нанесения вреда лесным, ягодным растениям и грибницам. 
Для размещения ульев и пасек предоставляются участки на опушках леса и других непокрытых лесом угодья, без права рубки леса, расчистки и распашки лесных площадей и возведения на них построек капитального типа. Разрешительным документом на проведение побочного пользования на территории национального парка является лесной билет, который выписывается в лесничестве или мастерском участке, при наличии документов, удостоверяющих оплату за побочное пользование. 
проведение санитарных рубок, рубок ухода, за исключением проходных рубок, и переработка полученной при этом древесины; 
На территории парка ежегодно проводятся лесохозяйственные мероприятия, которые включают мероприятия по улучшению качественного и санитарного состояния лесов. К ним относятся рубки ухода (кроме проходных, которые запрещены на территории ООПТ) и санитарные и прочие рубки.

Организационная структура национального парка: В основу административной структуры Катон-Карагайского государственного национального природного парка положено штатное расписание, разработанное на основе структуры учреждения утвержденной Комитетом лесного и охотничьего хозяйства МСХ РК.