Алакольский государственный природный заповедник учрежден в целях сохранения природных комплексов, животного и растительного мира дельты реки Тентек, а также уникальной популяции реликтовой чайки и других колониальных птиц на островах озера Алаколь. Расположен он в пределах Алакольского района Алматинской и Урджарского района Восточно-Казахстанской областей Казахстана.
Алакольский государственный природный заповедник учрежден постановлением Правительства Республики Казахстан от 21 апреля 1998 г. на базе государственного заказника «Реликтовая чайка». Первоначально площадь заповедника составляла 12 520 гектаров, затем она была увеличена до 19 713 гектаров. 5 октября 2010 года территория была расширена до 65 217,9 га за счет земель Урджарского района.
Алаколь-Сасыккольская система озёр занимает пустынную впадину между горными системами Джунгарского Алатау и Тарбагатая в юго-восточной части Казахстана. В центре впадины находится система крупных озёр: Сасыкколь,Кошкарколь, Уялы, Алаколь, Жаланашколь.
Вокруг заповедных островов — Улькен Аралтобе, Средний и Кишкене Аралтобе, установлена двухкилометровая буферная зона площадью 5 130 га, в пределах которой запрещены охота, рыболовство, стоянка катеров, лодок и других плавательных средств.
Современные ландшафты образовались в ксеротермический период послеледниковой эпохи. Рельеф озёр представлен низменной террасовидной равниной, сложенной древнеморскими и озёрными засоленными отложениями, окаймляющими озера полосой в 10-25 км с преобладанием солончаков, лугово-болотных и солончаковых луговых почв. В Алакольской котловине преобладают пустынные типы почв. На пойменных террасах рек и озёр под лугово-тугайной растительностью встречаются аллювиально-луговые почвы, а по озёрным понижениям и болотам с осоково-тростниковыми ассоциациями — лугово-болотные. В местах распространения биюргуново-кокпековой растительности встречаются такыры и такыровидные почвы. Широко представлены лугово-серозёмные почвы под эфемерово-полынной растительностью, для которых характерны солончаки. На возвышенных частях Алакольской котловины развиты малокарбонатные серозёмы.