Образован 21 апреля 1998 г. на территориях Алматинской и Восточно-Казахстанской областей (Урджарский район) на площади 20,0 тыс. га. Заповедник создан с целью сохранения дельты реки Тентек, берущей начало в Джунгарском Алатау и островов оз. Алаколь - Большого, Среднего, Каменного.
Охране подлежит водно-болотный комплекс этой территории с гнездовьями и колониями многочисленных видов веслоногих, пластинчатоклювых, поганок, чаек, крачек Особое внимание уделяется охране гнездовий кудрявого и розового пеликанов, черноголового хохотуна, колпицы, лебедя-кликуна, савки, журавля-красавки, орлана-белохвоста - видов птиц, внесенных в Красную книгу Казахстана.
Уникальность озера Алаколь заключена в том, что на его островах расположены гнездовые колонии реликтовой чайки, редчайшего вида, внесенного в Красную книгу Международного союза охраны природы.
На озере во время массовых сезонных миграций для отдыха и кормежки скапливается до 5 млн. птиц, в охране которых заповедник также играет важнейшую роль.