Задачи этого учебного заведения: совершенствовать научно-методическую работу школы с целью формирования современного педагогического мышления, формировать у учащихся навыки саморазвития как условие становления их субъектности, использовать нетрадиционные формы работы с родителями, позволяющие улучшить качество учебно-воспитательного процесса.
В течение многих лет СШ №39 ведёт опытно-экспериментальную работу по экономическому образованию учащихся, родителей, учителей. Научно-исследовательская деятельность самих учеников осуществляется под руководством научного общества школьников «Орион».
Творчески работающие учителя, активно занимающиеся опытно-экспериментальной работой по внедрению новых учебно-методических комплектов, новых педагогических технологий, обобщают свой опыт, представляя его на семинарах и конференциях различных уровней, страницах газет и журналов, научно-методических статей. Педагогами школы внедряются технологии, способствующие модернизации содержания образования: «Модульное обучение» М.М. Жанпеисовой; «Коммуникативное обучение иноязычной культуре» Е.Н. Пассова; «Обучение в сотрудничестве» Е.С. Полат; «Развитие критического мышления через чтение и письмо»; «Информационные технологии»; «Проблемное обучение» В.К. Дьяченко; «Технология «Музейные площадки»; «Технология тематического классного часа»; «Технология проведения КТД».
Со времени своего образования школа всегда отличалась академизмом, высокой степенью ответственности за результаты учебного труда, разнообразием форм воспитательной работы педагогического и ученического коллективов. Это позволяет им быть единым организмом, сообществом единомышленников.
По итогам ЕНТ СШ №39 входит в десятку лучших школ города вместе с лицеями и гимназиями. Учителя и ученики день за днём, год за годом, совершенствуя своё мастерство и знания, преумножая традиции, создают добрую славу средней школе №39, городу и стране.