Заповедник организован постановлением Совета Министров Казахской ССР № 365 от 4 августа 1976 года. Ядром территории является проточное горное озеро Маркаколь в окружении хребтов.
Режим заповедника строже национального парка: свободный туризм ограничен, посещение — по правилам ООПТ. Озеро известно чистой водой и своеобразной ихтиофауной.
Подробнее о самом озере — в разделе «Озёра» портала; актуальный режим — у администрации заповедника.